經過多年的發展，我州農民專業合作社在農村能人、龍頭企業和基層農技、供銷部門的推動下，形成了多元化發展格式，一批農村致富帶頭人、種養大戶等。利用他們的資金、技術、管理和銷售渠道等優勢，牽頭興辦農民專業合作社，主要采取“合作社加農戶”、“合作社加基地加農戶”等模式運作。勐?？h打洛鎮勐板村委會主任巖溫龍帶領群眾創辦益民農產品專業合作社，從2009年創辦至今，已發展會員280戶，有14萬平米的蛋雞、茶花雞和土雞種雞場及226戶社員養殖戶，現有34個鮮雞蛋批發零售網點，年銷售額達800多萬元。
一批農產品加工、銷售等龍頭企業也積極帶動，利用他們的生產技術和市場銷售等優勢帶頭組建農民專業合作社，主要實行“公司加合作社加基地加農戶”的產業化經營發展模式。景洪市基諾山鄉亞諾村古樹茶專業合作社采取與易武正山“斗記”茶葉有限公司合作的方式，由合作社負責收購社員的大樹茶并進行加工，公司負責資金、銷售，避免了合作社因茶葉價格波動和滯銷帶來的風險，既解決了資金問題，又保證了社員收入。
基層農業服務組織和供銷社利用其技術、資金、服務、組織管理、信息、營銷網絡等方面的優勢，圍繞農業生產、流通、加工等興辦各類專業合作組織，帶動更多從事生產的農戶聯合起來，促進農業生產經營向貿工農一體化的方向發展。景洪市供銷社創辦大渡崗松山蛋雞養殖專業合作社，投入資金300萬元，養殖蛋雞1.6萬只，年出售鮮雞蛋70萬個，帶動了周邊群眾的養殖積極性，增加了群眾收入。
在大力發展農民專業合作社過程中，我州積極探索合作社的組織制度創新，不斷完善統分結合的雙層經營體制，統一經營得到較大發展，進一步提高了合作社的組織化程度。入社會員的土地承包經營權不變，繼續在原有土地上從事農業生產，合作社為農戶提供生產投入品、農業技術推廣、田間管理以及產品銷售等服務。磨憨興農蔬菜專業合作社在農戶土地承包經營權不變的前提下，采取訂單式生產，由合作社統一發放種子、統一供應生產資料、統一技術指導、統一質量標準、統一銷售服務，自2008年成立以來，累計為當地農戶增收5000余萬元，解決了社員在種子、繁育、移栽、管理、銷售等環節的難題，為社員提供“一條龍”式的統一經營服務。
同時，我州在發展壯大農民專業合作社過程中，不斷創新經營模式，實現了農業經營方式的加快轉變。一些合作社自辦加工和流通實體，進一步延伸了產業鏈。勐臘縣瑤區冬瓜豬養殖專業合作社不僅養殖冬瓜豬，還將冬瓜豬肉加工成豬油、臘肉、香腸、豬肉干、罐頭等“滇瑤”牌系列食品，深受歡迎；一些合作社由于受資金、技術、管理、市場等因素的影響，創辦的實體往往規模不大，帶動能力不強。為了發展壯大，合作社積極探索與龍頭企業進行合作，實行“龍頭企業”加合作社（加基地）加農戶的經營模式，帶領農民闖市場。勐臘縣興邦生豬飼養專業合作社與國家級高新技術企業、農業產業化國家重點龍頭企業大北農集團合作，在勐臘縣成立大北農養豬服務中心，向社員提供飼料、技術、信息、獸藥等服務，增強了合作社的競爭實力；一些合作社在發展過程中積極探索“農超對接”模式，與大型超市合作，減少了農產品流通環節，降低了流通成本。景洪市大渡崗鄉大沙壩水產品養殖專業合作社養殖的“羅氏沼蝦”，直接進入了大潤發超市，解決了社員賣魚難的問題。
