符合農產品地理標志登記條件的申請人，可以向省級人民政府農業行政主管部門提出登記申請，并提交申請材料，包括：登記申請書；申請人資質證明；產品典型特征特性描述和相應產品品質鑒定報告；產地環境條件、生產技術規范和產品質量安全技術規范；地域范圍確定性文件和生產地域分布圖；產品實物樣品或樣品圖片；其它必要的說明性或證明性材料。
省級人民政府農業行政主管部門自受理農產品地理標志登記申請之日起，在45個工作日內完成申請材料的初審和現場核查并提出初審意見。符合條件的，將申請材料和初審意見報送農業部農產品質量安全中心；不符合條件的，在提出初審意見之日起10個工作日內將相關意見和建議通知申請人。
農業部農產品質量安全中心自收到申請材料和初審意見之日起20個工作日內，對申請材料進行審查，提出審查意見，并組織專家評審。經專家評審通過的，由農業部農產品質量安全中心代表農業部對社會公示。有關單位和個人有異議的，可自公示之日起20日內向農業部農產品質量安全中心提出。公示無異議的，由農業部做出登記決定并公告，頒發《中華人民共和國農產品地理標志登記證書》，公布登記產品相關技術規范和標準。專家評審沒有通過的，由農業部做出不予登記的決定，書面通知申請人，并說明理由。
農產品地理標志登記證書長期有效。登記證書持有人或者法定代表人發生變化以及地域范圍或者相應自然生態環境發生變化的，登記證書持有人應當按照規定程序提出變更申請。
