（一）占有科研資源的數量與級別成為績效考評的重要指標弱化了科研人員的創新動力，項目經費管理松散和結項管理寬松降低了科研經費使用效率
占有科研資源是科研單位和科研人員績效考評的重要指標，科研單位和科研人員憑借占據大量的科研資源而獲得較高的績效評價，從而弱化了其科研創新動力和強化其爭奪科研資源動力；同時項目經費管理松散導致科研經費使用效率下降，項目結項條件寬松造成科研成果質量低劣，使項目立項過程中存在較大的“權力尋租”空間。
（二）資源集成的激勵機制和利益分配機制不完善，資源集成推廣機制缺位
在政府主導資源集成的模式中，資源集成的激勵機制、利益分配機制和法律制度不完善，又缺少資源共享的社會氛圍，部分集成的科技資源由于缺乏推廣機制，其經濟和科研效應并不顯著，進一步削弱了相關市場主體籌措和投入集成體系建設資金的動力，因此很多主體不愿參與資源集成，并盡可能地實現資源的自給自足，造成“大而全，小而全”的農業科技資源重復與類同的分布狀況。
（三）政府主導農業科技成果轉化效率低，農戶需求導向的成果轉化模式尚未形成
農業科技的公共品特性決定了市場機制無法實現農業科技成果的有效轉化，因此政府主導的農業科技成果轉化模式和推廣模式在我國占據了主流地位，這種成果轉化模式和推廣模式缺乏激勵機制，相關主體積極性不高，責任和權利脫節，農業科技成果轉化和推廣的難度大。同時農戶經營規模小，經濟實力有限，無力承擔構建農戶需求主導的市場化成果轉化模式，因此農業科技成果轉化率始終處于較低水平。
（四）制度弱化農業科技投入激勵，政府、企業和科研機構的農業科技投入意愿不足
官員考核以經濟績效為核心，忽視農業科技投入是官員的理性選擇，農業在公共資源分配中處于不利地位。同時地方事權擴大導致地方政府關注點集中在增加財政收入，地方政府在科研資源分配中盡量向第二產業傾斜，對地方財政收入貢獻低的農業科技則被忽視。因此現行制度弱化了政府對農業科技投資動力。此外農業企業和農業科研機構規模小和風險承受能力低，難以聚集科技資源和承擔科研風險，從而抑制企業和科研機構的科技投入積極性。
